Akira'nın serbest kalmasının ardından, Neo Tokyo Kod 7 Alarmı altına girmiştir! Tetsuo’nun başarısız girişimi sonrasında, Hem Albay'ın askerleri hem de eski bir medyum olan Miyako Hanım’ın müritleri Akira’yı bulmak için tüm şehri aramaya başlar. Bu sırada bir şekilde çocuğu ele geçiren Kaneda, Kei ve Çiyoko, Nezu'nun gemisinde Akira ile birlikte sığınak bulmaya çalışır.

Ancak Nezu, Akira'yı kendi emelleri için kullanmak istemektedir!!