Rantarou, Kirimaru ve Shinbei, Ninjutsu Akademisi’ne 

katılmayı hak kazanmış acemi ninjalardır.

Bu acemi ninjalar bir yandan okula adapte olmaya, diğer yandan karşılaştıkları zorluklardan paçayı kurtarmaya çalışırlar. Doi ve Yamada Hoca, okul müdürü, Kuno Birler’deki yaramaz kız ninjalar ve hatta haydutlar gibi ilginç karakterlerle dolu çılgın üçlünün eğlenceli eğitim hayatına hoş geldiniz!